La città è stata costruita inizialmente intorno al 680 a.C. dai Greci provenienti da Colofone (in Asia Minore), fu distrutta nel VI secolo a.C. dalle colonie achee coalizzate di Metaponto, Crotone e Sibari.
Nel 432 a.C., al suo posto, la città fu riedificata e prese il nome di Herakleia ed in breve tempo divenne più ricca e famosa di Siris.
Nel 280 a.C. Il territorio della città fu teatro della famosa battaglia di Heraclea nella guerra tra Taranto e Roma. Si svolse, infatti, in questi luoghi la sanguinosa battaglia in cui Pirro sconfisse con il proprio esercito rinforzato dagli elefanti le truppe dei Romani, subendo numerose perdite in quella che fu definita "una vittoria di Pirro".
A questo periodo storico risalgono le Tavole di Heraclea, conservate nel Museo Archeologico Nazionale di Napoli, antichissime tavole in bronzo con testi in greco riguardanti l'ordinamento pubblico e costituzionale della città, sul retro di queste tavole è trascritta la Lex Iulia Municipalis.
Durante il medioevo, la città si spopolò progressivamente, così come tutto il territorio costiero, Heraclea andò perduta e restò su una collinetta un piccolo borgo chiamato Policoro (che in greco significa "luogo ampio"), in cui trovò rifugio la popolazione dei paesi vicini minacciati dalle numerose invasioni e scorrerie.
Successivamente il borgo fu trasformato in feudo baronale e la città si sviluppò intorno al palazzo baronale (il castello) utilizzato come residenza per le battute di caccia dei feudatari, data la presenza di un bosco molto esteso e appartenuto, tra le altre famiglie nobiliari, alla famiglia Berlingieri, da cui prende il nome.
Solo dopo il 1950, grazie all'opera di bonifica del territorio divenuto nei secoli paludoso e malsano e alla riforma agraria che frazionò e ridistribuì la proprietà terriera e garantì un rapido sviluppo e ripopolamento, Policoro raggiunse l'autonomia comunale, attirando interi nuclei familiari, provenienti da ogni parte della regione.
Policoro è oggi la principale città lucana che si affaccia sul mare Jonio e offre ai tanti visitatori ed ospiti un litorale ricco di strutture e di attrazioni, una Riserva Naturale (Oasi WWF Bosco Pantano) in riva al mare, numerosi collegamenti e servizi di trasporto, la varietà delle risorse agroalimentari dovute alla pesca, all'agricoltura e all'allevamento.